Nachbarkreise sind im Norden der Landkreis Weimarer Land, im Nordosten der Saale-Holzland-Kreis, im Osten der Saale-Orla-Kreis, im Süden der bayerische Landkreis Kronach und der thüringische Landkreis Sonneberg, im Südwesten der Landkreis Hildburghausen und im Westen der Ilm-Kreis. Der Landkreis Saalfeld-Rudolstadt wird vom Fluss Saale durchzogen und liegt im Thüringer Schiefergebirge.
Der Landkreis Saalfeld-Rudolstadt besteht seit 1994, als - zunächst mit dem Namen Schwarza-Kreis - die Landkreise Saalfeld und Rudolstadt vereinigt wurden. Diese waren aus den gleichnamigen Landratsämtern hervorgegangen, die 1922 in Landkreise umbenannt wurden.
Mit dem Bahnhof in Saalfeld/Saale besitzt der Landkreis einen überregionalen Bahnknoten. Der ICE-Halt auf der Fernstrecke Berlin-München gibt Anschluss an die Nebenstrecken nach Erfurt, Gera und Blankenstein (Saale). Die Oberweißbacher Berg- und Schwarzatalbahn verkehrt als eine der ersten als Profitcenter betriebenen Bahnstrecken der Deutschen Bahn im südwestlichen Kreisgebiet.
Der Landkreis wird von den Bundesstraßen 85, 88, 90 und 281 durchquert. In den jeweiligen Nachbarkreisen verlaufen im Norden die A 4, im Osten die A 9, im Westen die Thüringer-Wald-Autobahn A 71 und in Zukunft nach ihrer Fertigstellung im Süden die A 73.
Auf der Hohenwarte-Talsperre im Südosten des Landkreises wird Schiffsverkehr betrieben. Mehrere Fahrgastschiffe bieten Rundfahrten auf dem Stausee. Außerdem ermöglicht die Mühlenfähre das Übersetzen mit PKW und Krad von einer Seite des Stausees zur anderen.